《兄弟》讲述了谭颂尧（苗侨伟 饰）与谭颂舜（陈奕迅 饰）的故事。两人是黑社会老大谭信天（王志文 饰）的儿子，年幼时便被父亲安排分隔两地。长大后，谭颂尧接掌父亲的社团，并着手推动改革，希望带领帮会走上正途。然而，帮会中的九叔及其儿子闫国区（汤镇业 饰）不愿放弃高额利润背后的非法勾当，更觊觎社团老大的位置。与此同时，警探奎（刘德华 饰）始终密切监视谭家社团，暗中搜集其犯罪证据。
谭信天遇害身亡后，谭颂舜返回香港，却在一次意外中驾车撞死九叔。随后，他在女友庄晴（黄奕 饰）的陪同下逃往泰国，途中不断陷入危机，幸得亲信阿鬼（黄日华 饰）相救，才得以活下来。接连发生的变故令谭颂舜逐渐察觉事情并不简单，两兄弟之间的信任也遭遇严峻考验。与此同时，他们幼年时那场关于宣武门之变的卦象，似乎正一步步成为现实。
