自《媒体良化法》实施以来，近未来的日本始终在风纪管束与言论自由之间激烈角力。媒体良化队不断查禁、销毁被认定为有害的书籍；与之对抗的图书馆自卫组织“图书队”，则竭力守护人们获取知识与娱乐的权利，甚至不惜与良化队正面交锋、付出生命代价。
在一次次冲突中，倔强的女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）与被称为“魔鬼教官”的堂上笃（冈田准一 饰）逐渐培养出深厚默契，两人的感情也在并肩作战中悄然升温。为了即将举行的“艺术祭典”，图书队决定出借具有重要象征意义、仅存的《图书法规要览》，并将其作为展品公开展出，同时为此部署最高级别的安保措施。然而，良化队早已获悉相关消息，接连派出大批人马，企图夺走这本珍贵的要览。
与此同时，手冢光（福士苍汰 饰）的哥哥、效力于文部科学省的手冢慧（松坂桃李 饰），正积极推动名为“未来计划”的构想。围绕这场争夺，图书队将何去何从？《图书馆战争：最后的任务》改编自作家有川浩的“图书馆系列”。
