故事发生在椚丘中学三年E班。这个班级看似普通，实际上却汇聚了一群身手不凡、冷酷果断的杀手。每年，他们都会通过特殊渠道接到来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑解决棘手问题。而这一次，所有人的目标都只有一个——刺杀他们的班主任杀老师（福山润配音）。
杀老师是一个神秘的存在，外表完全不像人类，却拥有极其敏锐的感知能力和快得惊人的反应速度。没人知道它来自何处，也没人明白它为何会成为三年E班的班主任。由于它曾扬言要毁灭地球，杀老师成了暗杀名单上悬赏金额极高的目标。三年E班的学生只要成功将其消灭，就能顺利毕业。于是，围绕这位神秘教师，一段危机四伏却又充满特殊日常的校园生活就此展开。
