《从海底出击第三季》讲述一支年轻的德国U艇船员队伍在大西洋战役中的命运。他们不仅要执行前往南半球的危险任务，还遭到一名执着而疯狂的英国皇家海军指挥官（雷·史蒂文森饰）的追捕。在罗伯特·埃伦贝格（弗兰茨·丁达饰）的指挥下，船员们逐渐建立起深厚的个人情谊。然而，埃伦贝格始终牵挂着基尔的一切，并对格蕾塔（埃莉萨·施洛特饰）产生了感情。格蕾塔是一位年轻母亲，丈夫身负重伤，同时饱受战争神经症折磨。
在基尔，威廉·霍夫曼的女儿汉妮（路易丝·沃尔弗拉姆饰）也被困在一段没有爱情的婚姻中。她的丈夫阿尔布雷希特·莱辛（弗洛里安·潘兹纳饰）是一名苦涩而冷漠的指挥官。汉妮既要承受身份地位带来的束缚，也无法摆脱社会期望的重压。直到她遇见风度翩翩的潜艇指挥官舒尔茨（皮埃尔·基维特饰），这段危险的关系让她仿佛在玩火。
与此同时，在中立国葡萄牙的里斯本，流亡者、间谍、罪犯以及他们的敌人聚集于这座充满异域气息的城市。哈根·福斯特（汤姆·弗拉什哈饰）在那里发现了一场致命阴谋：有人企图盗走一大笔掠夺而来的战时黄金。随着调查深入，东线战场上的黑暗经历以及这些发现，促使他重新审视自己的行为和道德道路，也让他逐渐接近一个卷入神秘阴谋的人物。这场阴谋或许能够改变战争的进程，甚至令局势朝更好的方向发展。
这个人正是克劳斯·霍夫曼（里克·奥肯饰）。经历了足以摧毁人生的变故后，他已经彻底改变。两条以历史为背景的故事线最终交汇，并在一个出人意料而惊心动魄的结局中走向终点。
