《星际之门：宇宙第一季》讲述了人类成功破解星际之门第九个符号后，一支探险队被传送到一艘荒废已久的古人飞船“命运号”上。这艘飞船建造于古人文明鼎盛时期，是一项规模宏大的实验载体，肩负着重要使命，但实验最终一直未能完成。探险队很快发现，他们被困在命运号上，无法沿原路返回地球，只能乘坐这艘飞船驶向未知的宇宙深处。航行途中，船员们将依次与古人在数百年前、命运号建造之前就散布于宇宙各处的星际之门取得联系，继续执行命运号最初的任务。由于命运号与这些星际之门的航向同步时间十分短暂，一旦错过，想要回头寻找就会异常困难。与此同时，他们还将遭遇新的种族、强大的敌人，以及接连不断的奇异事件。
