第二季的故事设定在第一季结局八年之后。军情六处特工乔纳森·派恩（汤姆·希德勒斯顿 饰）原以为自己已经彻底告别过往，如今他以“亚历克斯·古德温”的身份在伦敦领导一支秘密监视小组，过着平静安稳的生活。直到一天夜里，他意外发现一名曾受雇于理查德的佣兵，尘封的往事再次被唤醒，也迫使他重新踏上危险的行动之路，并与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯（迭戈·卡尔瓦 饰）正面交锋。
在这场危机重重的追查中，派恩遇到了女商人罗克萨娜·博拉诺斯（卡米拉·莫罗 饰）。尽管心有不愿，她仍协助派恩潜入泰迪在哥伦比亚操控的军火行动。抵达当地后，派恩逐渐卷入一场与武器交易和游击队训练有关的致命阴谋。随着敌友界限越来越模糊，他必须尽快揭开一项意图破坏国家安宁的计划。然而，接连不断的背叛让局势更加险恶，派恩不仅要判断究竟该赢得谁的信任，还必须在一切无法挽回之前，作出关于自己愿意付出何种代价的抉择。
