《神秘奇航》的故事发生在巴西亚马逊丛林。船长勒贝克接受阿曼达兄妹和薇拉的包船请求，带着他们深入险境，寻找失踪的考古学家内森——他也是阿曼达兄妹的父亲。薇拉代表雇佣内森的公司同行，与兄妹二人之间本就心存芥蒂。然而，在毒箭蛙、食人鱼、巨蟒、蜘蛛以及敌对部落的步步威胁下，三人之间的矛盾很快变得微不足道，神秘的丛林神祇也让这场探险更加凶险。
一行人根据内森留下的日记，前往传说中的“桑赛伊达”，最终找到了守护丛林的绿宝石“丛林之心”。危急关头，薇拉为救众人牺牲，父女三人则成功逃离险境，并告诫世人应当对这片土地心存敬畏。《神秘奇航》以充满惊险与刺激的丛林冒险，展现了人类面对未知时的勇气与决心，同时也对肆意破坏生态环境的行为发出了警示。
