《Q版三国之三小强》的故事发生在唐太宗年间。每年，奇丑无比的花花神姐妹都会下凡人间，弄得人们呕吐不止、鸡犬不宁。为了彻底消灭花花神，灭花会总舵主马超组织了一场世纪级行动，却在行动过程中遭到自称“黑猫王”的神秘人阻挠，花花神也被其劫走，灭花任务因此宣告失败。
花花神的失踪在天庭引发了巨大变故，只有仙力为零的天庭特工处处长刘备没有受到影响。于是，玉帝和猫局长——原型为原版诸葛亮——任命刘备为天庭特工，派他下凡寻找花花神，拯救整个天庭的健康。与此同时，接受如来佛委托的光头大师，也就是唐玄奘，收服了曾经大闹天宫的悟空，国语版中分别称为“小智”和“无敌”，踏上了西天取经之路。
刘备与无敌之间，究竟有着怎样不堪回首的悲惨经历？昔日转世的关羽、国语版中的“小仁”，以及张飞、国语版中的“小勇”，又能否与刘备重逢？找到花花神后，三兄弟回到天庭并担任了各自的职务，忙得不可开交，于是他们打算找到朗朗并辞职。没想到，他们意外发现无敌正在参加真人表演。小智本想出手帮助无敌，却反而把事情搞砸，不仅被朗朗抓住，还被迫参加《西游生存大挑战》，与光头大师正面较量。一场充满意外的对决就此展开。
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