故事从一架即将发生事故的飞机展开，颇有《迷失》的悬疑气息。飞机迫降后，机上所有人都因一种神秘病毒死亡，FBI和各方调查组随即介入。调查过程中，FBI女特工奥利弗·邓哈姆（Olivia Dunham）与高智商天才彼得·毕舍普（Peter Bishop）并肩行动，接连面对一系列难以解释的诡异现象。为阻止危机进一步扩散，他们不得不寻求彼得那位早已疏远的父亲沃特·毕舍普博士（Dr. Walter Bishop）的帮助。沃特长期被收留在精神病院，出院后，三人组成调查小组，开始追查各种离奇事件。随着案件愈发棘手，沃特·毕舍普博士隐藏已久的另一面也逐渐显露出来。与此同时，名为巨能（Massive Dynamic）的前沿科技公司也与沃特有着深厚渊源，其创始人曾与他在同一间实验室共事。然而，巨能公司一系列神秘莫测的举动，也让人不禁怀疑它与这些事件之间存在着某种联系。
