《黑衣人》设定了一个不为人知的世界：地球上除了人类，还有约1500名外星人隐藏在人群之中，负责处理外星人事务的星际移民局则维持着双方的秩序。纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）意外加入这一神秘组织，成为MIB成员，代号J。从此，他失去原本的姓名与身份，并与经验丰富的特警K（汤姆·李·琼斯 饰）搭档执行任务。
J接手的第一起案件，便是危险的虫族入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球上遭到虫族杀害，而他随身携带的“银河系”也不知所踪。这件物品是宇宙次原子能源的最佳来源，一旦落入虫族手中，亚基伦人将面临毁灭。亚基伦人随即发出最后通牒：如果地球人无法在一小时内交出“银河系”，他们就会摧毁地球。为了拯救地球，K与J只能联手迎战这场危机。
