美国影片深海巨灵大海龟讲述了一个在海边长大的男孩的故事。童年时期的他孤独寂寞，常常独自在海边玩耍。一天，一个小女孩突然从海里跑了出来，两人成为朋友，结伴玩耍时还捡到了一只海龟，并在龟背上刻下了一个图案。天色渐晚，小女孩送给男孩一串项链，随后又回到了海里。
十年后，男孩已经长大。海中出现史前巨型生物的消息传开后，一队科学家前往考察，最终发现那竟是一只体型惊人的巨型海龟。它几乎和足球场一样大，鲨鱼在它面前也只相当于脑袋的长度。尽管外表可怕，这只海龟却并不伤害人类。得知消息的人纷纷想将它捕获，有人为了科学研究，有人则企图借此发财，年轻人也因为好奇加入了行动。
众人想尽办法捕捉海龟，却一次次以失败告终，只有一个黑人始终不肯放弃。就在这时，一个神秘女子找到年轻人，劝他不要去捕捉海龟。年轻人很快认出，她正是童年时与自己在海边相遇的女孩。正当他有许多问题想要询问时，那个黑人突然喊他准备出发。年轻人回过头，神秘女子却已经消失不见。
