《加美拉对深海怪兽吉古拉》中，健一和海伦的父亲都是海洋学者。一天，两人随父亲目睹神秘飞行物坠入海中，四人乘船赶往现场，却突然被海底射出的光线带到一艘宇宙船内。出现在他们面前的女子自称吉古拉星人，为证明自身的先进科技，当场令东京发生了震级十三的大地震，并在这场空前灾难中向全人类提出投降要求。
吉古拉星人生活在海洋中，由于污染了母星的海域，他们一直在寻找拥有美丽海洋的移居地，最终发现了相距四百八十光年的地球。他们不仅企图占领地球海洋，还打算把人类当作食物。健一等孩子设法逃离宇宙船，那个自称吉古拉星人的女子也追随他们来到地面。与此同时，被加美拉火焰攻击的宇宙船爆炸，一只能够在海中飞速移动的银色怪兽现身，原来这才是吉古拉星人的真正形态。由于地球海水的水压与其母星不同，吉古拉迅速变得巨大。
加美拉将战场引向吉古拉不擅长的陆地，却在对方连续发射的光线攻击下倒入海中，完全无法动弹。防卫军的武器对吉古拉也毫无作用。健一等四人抱着最后的希望前去营救加美拉，反而被吉古拉拖进一万米深的日本海沟，并遭到挟持。为了救回四个孩子，防卫军总司令最终决定向吉古拉投降。
本片是昭和加美拉系列事实上最后一部作品，也是系列第七作。影片与鸭川海洋世界合作，除水下场面外，大部分场景都在海洋世界园区内拍摄。由于制作经费不及加美拉对大怪兽贾加，战斗主要局限于海中和海岸，几
