《玛蒂尔达1996》中，哈里（丹尼·德维托 Danny DeVito 饰）是个商人，妻子泽尼亚（雷亚·普尔曼 Rhea Perlman 饰）则沉迷赌博。夫妻俩从未料到，他们的女儿玛蒂尔达（玛拉·威尔逊 Mara Wilson 饰）竟是世间罕见的天才。面对父母对教育的漠视，玛蒂尔达提出请求后，终于被送进康琴小学，一段全新的经历也由此开始。
康琴小学由特拉齐布尔小姐（帕姆·费里斯 Pam Ferris 饰）掌管。她偏爱听话、温顺的孩子，甚至把暴力当成解决问题的唯一手段，铅球更是她的拿手绝活。与她截然不同的是一年级教师汉尼小姐（艾伯丝·戴维兹 Embeth Davidtz 饰），她温柔而富有耐心，让玛蒂尔达感到格外亲切。凭借敏锐的观察力，玛蒂尔达察觉到汉尼小姐似乎正面对某些难以解决、又无法启齿的困境，于是决定运用自己的力量帮助这位老师。
