《普西迪基地》的故事发生在旧金山一座拥有212年历史的军事基地内。一天，一名女警的尸体被发现，旧金山警探杰伊（马克·哈蒙 Mark Harmon 饰）奉命展开调查。然而令他恼火的是，负责协助他的搭档阿兰（肖恩·康纳利 Sean Connery 饰）竟是自己服役时期的长官。两人性格迥异、彼此看不顺眼，合作起来格外困难。
更让杰伊感到棘手的是，他爱上了阿兰的女儿唐娜（梅格·瑞恩 Meg Ryan 饰），这使他们原本紧张的关系变得更加复杂。随着调查逐步推进，杰伊意识到这起案件远比表面看起来复杂。为了揪出幕后凶手，他和阿兰不得不放下成见、联手追查，而等待他们的，是一个异常强大且危险的敌人。
