《奇门遁术2》讲述了天朝年间的一场惊天阴谋：东瀛使臣蛊惑天子，企图解除持续千年的封印，释放魔神蚩尤，让人间陷入灾难。为守护封印，奇门派遭到围剿。浪迹市井的长老东郭先生意外遇见天赋异禀的柳子墨，并设法将他收为徒弟。
随着东瀛邪徒步步紧逼，柳子墨与同伴一路奋力抵抗。危急关头，东郭先生牺牲自己，护送柳子墨脱身，并将能够开启封印的瞳臂托付给他。肩负重任的柳子墨由此踏上修行之路，同时也卷入一段充满痛苦与纠葛的感情。另一边，东瀛妖姬元惠子趁机释放蚩尤，天地骤然变色，风云为之激荡，一场生死决战即将拉开序幕。
