龙隐迷窟讲述了“鬼船”入港后引发的一场惊天谜案。上司为求自保，企图将案件草草归结为水匪作乱，狄仁杰却察觉其中疑点重重。大典将近，长安城内人心惶惶，皇后下令大理寺座沈铭在三日之内结案，沈铭无奈之下，只能将破案重任交给狄仁杰。
督水监长官冷霁月随后加入调查，并在案发的鬼船上重遇旧识段言。为了查明真相，三人前往长安的情报中心下城搜集线索。随着调查逐步深入，他们接连揭开长安地下两大势力的秘密，最终找到隐藏其中的云窟。狄仁杰等人进入古陵云窟后，历经重重机关与陷阱，几度陷入绝境。凭借对土层的精准辨识，狄仁杰终于找到出路，突破阳墓，发现了怀王以及大月遗族饲养龙鳌的阴墓。
随着真相一点点浮出水面，大典将至，各方黑暗势力也开始蠢蠢欲动。然而，狄仁杰早已洞察一切，并暗中布下天罗地网。
