《黄飞鸿之二：男儿当自强》讲述了白莲教徒奉满清大臣纳兰元述（甄子丹）之命，对革命党人展开打击，并以“扶清灭洋”为旗号在广州四处滋事。他们不仅冲击洋人使馆和教堂，甚至连小学生也不放过，令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）和梁宽（莫少聪）深感愤怒。一次医学会议上，黄飞鸿结识了革命党领袖孙文（张铁林），在了解到革命党人对于救国有着更长远的见解后，他决定协助他们躲过这场灾祸。随后，黄飞鸿闯入白莲教总坛，与九宫真人展开较量，揭穿了迷信背后的虚假面目。面对国运衰败、民智未开的现实，他悲愤难平，最终决定与纳兰元述展开一场生死对决。
