《黄飞鸿之铁鸡斗蜈蚣》讲述了黄飞鸿意外闹出笑话的故事。在弟子梁宽（梁家仁饰）和牙擦苏（张卫健饰）的怂恿下，他竟把宝芝林搬到了妓院旁边，反倒让众弟子暗自欢喜。妓院老板黄狮虎（陈百祥饰）一直将黄飞鸿视为偶像，渴望拜他为师，却始终得不到回应；就连他的妹妹（袁咏仪饰）等妓女，也被黄飞鸿刻意避开。
清廷命官雷一笑（徐忠信饰）表面上身居官职，实际上却是义和团余孽。他与上级官员及能仁寺的花和尚勾结，四处掳掠女性，企图将她们贩卖到南洋。黄飞鸿得知这一阴谋后，开始设法营救被抢走的女子，也因此成为雷一笑必欲除掉的眼中钉。
一次，黄飞鸿与梁宽、牙擦苏等人表演舞狮时，由于此前为了救治病人，拿自己当实验品服用了西药，双耳突然失聪，最终被雷一笑及其手下假扮的蜈蚣击败。返回佛山求医途中，他遇到了铁燕（张敏饰）和她的父亲。两人从四川来到广州寻找失踪的女儿，因曾听见雷一笑与黄飞鸿的对话，误以为他们是同伙。
