公元1402年，燕王朱棣（张大可 饰）发动“靖难之役”，夺取侄子明惠帝朱允炆（张大可 饰）的皇位。登基之后，为巩固自身统治、提防明惠帝旧部反攻，朱棣重新启用锦衣卫，对前朝忠臣元老展开血腥清洗。
锦衣卫指挥使青莲（徐子鹿 饰）奉命潜入民间，追杀明惠帝余党。一次行动中，她意外受伤，幸得离歌笑相救。养伤期间，两人朝夕相处，渐渐暗生情愫。分别之时，离歌笑将随身玉佩赠给青莲。
青莲回到朱棣身边后，朱棣认出了玉佩的来历。生性多疑的他随即下令，让青莲前去刺杀离歌笑。直到此时，青莲才得知，自己深爱的人竟然就是明惠帝朱允炆。面对皇命、身份与感情的重重冲突，她将作出怎样的抉择？《绝色锦衣卫》的故事也由此展开。
