《格吕宁根的秋天》将故事置于1938年纳粹吞并奥地利之后。随着对犹太人的迫害日益加剧，1939年2月，与奥地利接壤的瑞士封锁了这条犹太人赖以逃生的边界。然而，数百名没有签证的难民仍冒险偷渡入境。为查明真相，瑞士移民局派出年轻有为且信仰坚定的警局巡官罗伯特·弗雷，前往圣加仑州展开调查。
调查很快指向移民局公务人员保罗·格吕宁根。原来，他一直在滥用职权，帮助大量没有签证或持伪造证件的人越过边境，甚至亲自接应难民非法入境。格吕宁根的所作所为并非出于私利，而是源于最朴素的人性。面对他不同寻常的举动，以及难民们迫切求生的希望，弗雷逐渐开始怀疑这次调查是否真的正确。此时的他陷入艰难抉择：究竟该向上级如实报告，还是替格吕宁根隐瞒这一切？
