《杀生》的故事发生在中国西南一处群山环抱、与世隔绝的寨子里。这里的人们大多长寿，镇上自有一套延续已久的规矩，清朝时还曾获皇帝赐名长寿镇。一天，镇中突然爆发传染病，地方官派来医生查治。医生来到镇外时，发现牛结实已经奄奄一息，便将他带入镇中救治。
然而，原本淳朴温和的镇民却像变了个人，不但拒绝向牛结实伸出援手，还把医生视为多管闲事。老镇长带着镇里的医生、接生婆、油漆匠和老族长等人，想尽办法阻止医生救治牛结实。最终，牛结实没能活下来，而医生也始终查不出他突然死亡的原因。
镇民们冷漠而抗拒的态度让医生十分沮丧。就在他准备离开长寿镇时，意外发现了一个被全镇人共同掩藏、藏在山崖上的秘密。带着满腹疑问，医生决定暗中走访长寿镇。直到偶然遇见一个男孩，围绕这座古老小镇的谜团，才开始一层层揭开。
