《大二神捕》讲述了明朝末年，天下民不聊生、义军纷纷起兵的故事。白山县因数年前的“东林党”之争，至今仍笼罩在神秘诡谲的氛围之中。随着当年失踪的罪证突然重现，白头军、锦衣卫与官府三方势力相继介入，局势顿时风云变幻。
何氏兄弟性情木讷，家境贫寒，却因身上佩戴着刻有“翰林”二字的木牌，被各方势力暗中盯上。一次意外中，兄弟二人救下了白头军首领的女儿丁白。丁白女扮男装，试图从他们身上查找关键线索。与此同时，十二肖卫接连来袭，县衙中的县官和师爷也各怀鬼胎。随着一桩桩麻烦接踵而至，白山县隐藏的真相变得愈发扑朔迷离。
