《双鱼玉佩之大漠风云》讲述了一个发生在沙漠深处的神秘传说：双鱼玉佩据说拥有起死回生、连接过去与未来、扭转时空的力量。国安局获悉，双鱼玉佩的藏宝图已经落入日本山口组手中，于是派遣特警黑马前去寻找。
黑马成功取得半张藏宝图，却很快被山口组察觉。为躲避追踪，他带着半张藏宝图来到沙漠边缘的废城，并根据地图提示，试图进入沙漠腹地的无人区。为此，他加入了当地富二代林浩东组织的玩家联盟沙漠赛车队。赛车过程中，黑马得罪了林浩东，却意外赢得车模白雨的好感。双方发生冲突时，林浩东用枪指向黑马，黑马夺枪之际意外走火，而沿着枪击方向望去，沙漠上竟躺着一具陌生尸体。
黑马因此卷入命案，被押往警察局。进入警局前，他悄悄将装有半张藏宝图的手环放进白雨的背包，却被林浩东发现。由于欠当地黑社会老大龙哥的钱，林浩东供出自己怀疑黑马掌握着双鱼玉佩的线索，龙哥随即盯上了黑马。与此同时，日本山口组也派出女杀手贺美前来追杀。围绕藏有半张藏宝图的手环，黑马、龙哥和山口组三方势力展开争夺。
最终，黑马凭借智慧夺回手环，与白雨一同进入沙漠无人区，踏上寻找双鱼玉佩的旅程。然而，他并不知道，这一切早已是贺美设下的圈套。贺美借黑马与黑社会的冲突，将身为间谍的白雨安插到他身边。黑马在与黑社会的搏斗中受伤，白雨悉心照料，两人的感情也逐渐加深。一夜过后，他们终于找到双鱼玉佩藏宝处的入口，并进入地道。就在这时，黑马的身后突然传来一阵恐怖的笑声……
