《兹山鱼谱》以纯祖元年为背景。丁若铨（薛景求饰）因受到辛酉迫害事件牵连，被流放至遥远的黑山岛。抵达岛上后，他对当地丰富多样的海洋生物产生了浓厚兴趣，萌生了编写海洋生物书籍的念头。
为了完成这部著作，丁若铨向土生土长、熟悉岛上海洋生物的青年渔夫昌大（卞耀汉饰）请教。然而，昌大得知丁若铨是戴罪之身后，起初并不愿意提供帮助。后来，丁若铨发现昌大在自学识字时屡屡受挫，便提出让两人交换知识，彼此传授各自擅长的领域。昌大最终接受了他的提议，两人在不断磨合与交流中，逐渐成为亦师亦友的知己。
但当丁若铨得知昌大学习的真正目的，是为了日后谋求仕途时，不免感到失望。昌大也逐渐意识到，自己与丁若铨追求的道路并不相同。怀着复杂的情感，这对亦师亦友的伙伴最终决定分道扬镳。
