《霹雳战元史之动机风云》围绕胤天皇朝、佛门、厉族与魔界之间的复杂争斗展开。槐破夢与殊十二联手，协助胤天皇朝击溃由憂患深率领的龠勝明巒。此后，胤天皇朝进一步与厉族结盟，接连消灭不断崛起的三教势力。另一方面，素還真得知皇極七行宮背后的真相后，开始逐步对厉族展开反击，并与葉小釵、殊十二、劍布衣合作，最终倾覆七行宮。为阻止騶山棋一的野心，素還真率众进入中阴界，破坏其阴能布局，随着一连串计谋展开，胤天国运也由此走向断绝。
为了遏止魔祸，佛劍分說斩断鬼如來的罪业之身，却因闍魘那迦暗中施术，使非魔非圣的血剎如來降临世间。中阴界内，靈狩緞君衡早已悄然展开长远谋划，企图让魔皇再度现世，并因此引起天佛五相的关注。黑色十九探查懺罪之牆后，天之佛不为人知的过往逐渐浮出水面，也让中阴界成为佛、厉、魔三方势力暗中角力的关键所在。
为了帮助天之厲脱离束缚，厉族积极设法破解無盡天峰的封印，而能够消灭天之厲的五始之劍，也因此受到各方重视。与此同时，与冰無漪相交已久的夢說劍布衣游走于佛、厉两方之间，深陷纷争漩涡；他与劍通慧的决战，更将为佛厉之争带来新的变数。千年前，天之佛开启天競鏖鋒的战局；千年之后，太素劍封解除，这一剑究竟会终结旧局，还是劈开另一场风暴？圣魔元史第三章揭开潜藏的佛厉真相，并牵动沉寂于哭戰天閣的止戰之印，为动荡武林交织出一场诡谲难测的变局。
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