《黑客帝国动画版》由9段基于《黑客帝国》系列电影世界观创作的短片组成，来自日本、美国和韩国的动画制作精英共同参与其中。各个故事在叙事角度和艺术风格上各不相同，分别展现了这个世界的历史、现实与隐秘角落。
《机器复兴》回溯MATRIX的诞生历史：机器人长期遭受人类的恶劣对待，最终发动反抗，并将人类转化为能源。《少年故事》中，一名少年意外接收到来自网络的召唤，随即遭到大批黑衣人的追捕。《虚拟程序》截取了一对男女置身虚拟训练程序时的经历。《世界纪录》讲述一位短跑运动员不断逼近人类极限，却最终被系统牢牢控制。《超越极限》则描绘了一个原本平静的街区因系统错误出现异常区域的故事。《侦探故事》中，一名侦探在层层引导下，试图挣脱系统的束缚。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的过程。《终极战役》记录了一艘飞船走向毁灭的经过。
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三木真一郎 岩田光央 川澄绫子 石冢运昇 矢尾一树 高木涉 西村知道 子安武人 关智一 田中正彦 川原和久 神奈延年 有本钦隆 山崎巧 桧山修之 藤原启治 根谷美智子 嘉数由美 冈野浩介 细井治