距离地球15光年的Baab星科技高度发达，那里居住着一群热爱和平的蓝色小人。斯科奇（布兰登·费舍 Brendan Fraser 配音）是星球上勇敢无畏、充满正义感的超级英雄，常常驾驶超新星-9号飞船穿越宇宙，在BASA总部由哥哥盖里（罗伯·考德瑞 Rob Corddry 配音）指挥，负责营救身陷困境的外星人，并屡次顺利完成任务。
一次任务结束回到家中后，斯科奇接到BASA负责人莉娜（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 配音）的命令，必须立即前往被称为黑暗星球的地球执行救援行动。盖里担心弟弟遭遇危险，极力劝阻他，却与坚持出发的斯科奇发生争执。最终，斯科奇在整个Baab星的注视下抵达神秘的51区，却被夏克尔将军（威廉·夏特纳 William Shatner 配音）率领的军方人员当场抓获。
为了救出自己最亲近的兄弟，向来谨慎小心的盖里只能踏上充满危险的旅程。随着行动不断深入，隐藏在这一切背后的阴谋也逐渐显露出来……
