《马达加斯加的企鹅第二季》延续了动画电影《马达加斯加》中那群古灵精怪动物的故事，主角依旧是最受观众喜爱的四只企鹅：Skipper、Kowalski、Rico和Private。表面上，它们只是住在中央公园动物园里的可爱小动物，实际上却是一支训练有素、战斗力惊人的精英队伍。为了维护动物园的秩序，企鹅们时刻准备应对各种突发状况。
新邻居Julien的到来，让平静的动物园生活掀起了波澜。这个热衷派对、自封为狐猴王的动物成为动物园的新成员，并试图重新建立一套属于自己的秩序。面对这位令人头疼的对手，企鹅们不得不与他展开较量，争夺动物园首领的位置。
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