公元2067年，银河系边境的一处星系正被“Var”症候群笼罩。感染者会逐渐失去自我，陷入狂暴状态并造成大规模破坏，事态也在不断扩大。意识到危机的星间复合企业体，为了抑制这一症状，将由少女们组成的战术音乐组合“Walküre”与负责协同作战的“Valkyrie部队”编入同一作战体系。与此同时，来自“风之王国”、被称为“空中骑士团”的神秘Valkyrie部队也开始采取行动。随着“原始文明的遗产”之谜逐步浮现，一段跨越星系的炽烈恋情与友情就此展开。
《超时空要塞DELTA》作为《超时空要塞》系列新作动画，其制作消息于2014年10月公布；2015年9月正式确定标题，同年10月29日举行制作发表会，并于12月31日播出特别节目。
