假面骑士Amazons第二季的故事发生在那场事件过去五年之后。随着Amazon几乎被彻底驱除，世界逐渐恢复和平，但感染Amazon细胞的普通人仍在不断Amazon化。为应对这一持续扩大的现象，政府秘密组建了新组织4C，负责清除已经Amazon化的人类。
少年千翼自幼由Amazon养大，如今变身为假面骑士Amazon Neo，与Amazon展开战斗。然而，在本能的食人冲动驱使下，他却遇见了化身乌鸦Amazon、作为生物兵器战斗的少女优。面对优，千翼第一次没有产生想要将其吃掉的念头，并逐渐被她吸引。优的真实身份，则是被Amazon化的父亲杀死后，以Sigma型Amazon的身份复活的少女。
