《小小克星第二季》讲述了直枝理树的故事。年幼时曾坠入绝望深渊的理树，后来遇见了四位少年少女，并在数年后成为Little Busters的一员，与伙伴们一同喧闹而快乐地生活着。他最大的愿望，就是希望这样的时光能够永远延续下去。
某天，恭介突然提出要组建一支棒球队，理树便开始四处寻找队员。在这个过程中，他结识了新的伙伴。大家一起参加试胆大会、潜入女生宿舍，甚至还在偶然间为理树换上女装并共同出演人偶剧。经历了一连串欢乐时光的同时，他们也在彼此的帮助下，逐渐解决了各自心中的烦恼。
棒球比赛结束后，理树更加确信自己与挚友之间牢不可破的羁绊。然而，故事并没有就此结束。来谷唯湖与理树之间的故事、理树和铃共同经历的旅程，以及两人最终得知的“世界的秘密”，都将在此展开。Little Busters真正的物语，就此拉开序幕。
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