《灵魂摆渡3》的故事始于很久以前。那时世间尚无冥界，天柱连接天地，天空悬于云端，后世称之为“昆仑”。人类由神创造，万物皆是神的子民。昆仑山的天女娅来到人间，作为神的使者行走世间。然而，人类之中出现了一种会令人丧失理智的古老疾病——爱。正因这份感情，人类与天神之间爆发了第一场战争。
能够感知灵魂的夏冬青，在444号便利店结识了灵魂摆渡人赵吏和九天天女娅。一年之后，三人在海边再次重逢。阴差阳错之下，夏冬青成为赵吏的契人，注定要协助他送走九九八十一个灵魂。娅却染上了人类的“疾病”，爱上了夏冬青，而这份感情也与天界赋予她的使命相悖。
身为摆渡灵魂的鬼差，赵吏看似无所不能，内心却始终承受着无法拥有自己灵魂的痛苦，也因此不能像夏冬青一样感受喜怒哀乐。新年前夕，他们遇见了古老的神兽年与夕；而在荒山野村之中，还矗立着一……
