《变种人：幽灵战姬》讲述了国际安全联盟组织特工吴晴晴的惊险经历。为了调查美杜莎整形医院及其直属财团秘密研发基因诱导液、制造变种人战士的犯罪证据，吴晴晴奉命潜入医院。不料行动过程中，她被强行注射基因诱导液。在同事王胖子的帮助下，她成功逃离美杜莎的地下实验室，却一路遭到追杀。
受药物影响，吴晴晴的记忆出现暂时性的混乱与缺失，幸亏得到周扬相救，并顺利熬过基因异变激化期。与美杜莎以往的失败案例不同，她的基因与药物融合率奇迹般突破40%，因此引起组织注意，遭到全面围剿。身陷重重危机、命悬一线之际，吴晴晴的基因融合率突破50%，获得如幽灵般诡异迅疾的速度。凭借这股力量和自幼习得的高强武艺，她最终展开绝地反杀。
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