《噗妮露是可爱史莱姆第二季》中，河合井小太郎是一名初中二年级男生。小学时期，他亲手制作的史莱姆意外获得了生命，此后七年间，名为噗尼露的史莱姆一直陪伴在他身边，两人像朋友一样快乐相处。
然而，随着时间流逝，小太郎和噗尼露都发生了变化。如今的噗尼露不仅能变换出各种可爱的史莱姆造型，还华丽变身为一位绝世美少女。面对她任性又随心所欲的举动，小太郎每天都被搅得心跳不已。充满波折的日常仍在继续，而他们能否一直维持这份友情，永远开心地陪伴彼此呢？
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