《杀手蝴蝶梦粤语》讲述了老张（关海山饰）多年来不再过问江湖事，在海边经营一家PUB，与女儿阿立（王祖贤饰）和伙计阿列（钟镇涛饰）过着平静快乐的生活。阿立和阿列是一对情侣。某天，老张被昔日搭档找上门，只得战战兢兢地重出江湖，没想到事情中途突生变故，被拉来当司机的阿列竟成了杀人凶手。老张带着阿立和阿列准备偷渡，却不幸被捕。为了救父亲，阿立答应跟随黑社会老大神爷（陈惠敏饰），并哄骗阿列先行前往菲律宾。
六年后，阿列在菲律宾成了声名在外的杀手，阿立也已摆出大姐大的姿态，身边跟着忠心的小弟阿祥（梁朝伟饰）。神爷得知昔日搭档准备在法庭上指证自己，便派人将其灭口，而执行任务的杀手正是阿列。行动期间，阿列意外与阿立重逢。尽管六年来他从未忘记这段感情，表面上却依旧冷漠。随着真相逐渐揭开，时间终究没能磨灭两人的爱意，阿列再次牵起了那个一直令自己牵挂的阿立的手。然而，这一幕被神爷的手下、一直对阿立心怀邪念的料哥（刘家辉饰）看在眼里。阿立收拾行装时，心存邪念的料哥……
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