1960年代的香港，旭仔（张国荣）在生母缺席的成长经历中形成了强烈的漂泊感，并将自己优雅地比作一只“无根鸟”。他对生命中遇到的女人始终放荡不羁，售票员苏丽珍（张曼玉）和舞女咪咪（刘嘉玲）先后给予过他温暖，却始终只能成为他生命中的短暂情人。为了摆脱内心的沉重与无力，旭仔抛下一切，前往南洋寻找生母。曾暗恋苏丽珍、也目睹她与旭仔感情变化的超仔（刘德华），从小巡警成为跑船人后在菲律宾再次遇见旭仔。这场重逢既像缘分，也像宿命，让超仔参与并见证了阿飞命运被改写的过程。
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