机动战士高达 闪光的哈萨维2026的故事发生在夏亚的反叛引发的第二次新吉翁战争结束12年后，即宇宙世纪105年（U.C.0105）。此时，一个名为马夫蒂的反地球联邦组织通过暗杀政府高官，对实行强权统治的地球联邦展开反抗。组织首领马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄、布莱特·诺亚之子哈萨维·诺亚。尽管受到拥有奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语上的戏弄，哈萨维依旧为了实现马夫蒂的目标不断前进。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，收到了刑事警察机构汉德利·约克桑提出的秘密合作邀约。哈萨维与凯奈斯分别为各自的目标采取行动，而琪琪也为了完成自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
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