《超级飞侠第六季》中，超级飞侠们继续接听来自世界各地小朋友的求助电话，根据他们的需要定制特别的物品，并将物品送到小朋友手中。每当小朋友遇到难题，乐迪就会向总部求助。超级飞侠们带着拥有不同属性的愿望能量球，与小朋友一起变身为酷炫的愿望守护者，共同寻找解决问题的办法。
上一季登场的三位新成员也将在本季《超级飞侠12》中大显身手：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯，以及高速火车超级飞侠咚咚。当困难进一步升级时，超级基地还会变身成为超级机器人，与超级飞侠们并肩作战，陪伴小朋友们一起度过难关。
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