《秘境里斯本》讲述了十四岁少年约翰的身世之谜。自幼在修道院长大的他没有亲人，也不知自己的过去。一天，神秘女子安吉拉（玛利亚·若奥·巴斯托斯 Maria João Bastos 饰）找到约翰，自称是他的生母，并向他讲述了多年前的往事。
安吉拉出身侯爵之家，曾与伯爵之子席尔瓦（何塞·阿方索·皮蒙特尔 José Afonso Pimentel 饰）相爱，却因父亲强烈反对而陷入困境。当时已怀有席尔瓦骨肉的安吉拉决定与恋人私奔。愤怒的侯爵派人刺杀席尔瓦，甚至企图除掉安吉拉腹中的孩子。幸而在一名神父和另一位神秘人的帮助下，约翰得以平安长大。
成年后，约翰前往巴黎，结识了一位贵妇，并答应协助她查明杀害哥哥的凶手。然而令他意外的是，经过调查，他发现凶手竟是当年曾帮助自己和母亲逃过劫难的那位神秘人。
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