《钢铁飞龙之再见奥特曼》中，曾经守护地球、维护和平的奥特曼，一度被地球人视为神一般的存在。然而近几十年来，他突然销声匿迹，行踪成谜。取代奥特曼守护地球的，是隶属于GSB地球安全保卫组织的钢铁飞龙精锐小分队。
近期，GSB接连收到地球能源异常的报告，世界各地也相继发生巨大灾难。为查明能源异常的真正原因，GSB派出钢铁飞龙展开调查。调查过程中，他们意外发现，这一系列事件竟与失踪已久的奥特曼有关。新旧两代地球守护者再次相遇，却意外站到了彼此对立的阵营，甚至成为不死不休的敌人。这一切究竟是意外，还是精心策划的阴谋？最终，又是谁看到了事情背后的真相？
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