距离假面骑士圣刃的变身者神山飞羽真与众剑士拼尽全力拯救世界，已经过去了8年。飞羽真收养了因卷入那场大战而失去双亲的少年小陆，好友间宫以及编辑须藤芽依也一同帮忙照顾他。虽然飞羽真一直努力弥补小陆失去父爱的遗憾，却始终无法抚平他内心的创伤，已经11岁的小陆依旧没有露出笑容。
另一方面，成为翻译家的富加宫贤人即将与立花结菜结婚，正享受着充实的生活。然而，一场异常却悄然降临到剑士们身边，圣剑持有者接连神秘失踪。就在新堂伦太郎着手调查之际，假面骑士霸剑·惊异塞壬突然现身。解除变身后的篠崎真二郎自称是伦太郎的父亲，这让伦太郎陷入了混乱。与此同时，贤人遭遇了霸剑，小陆放学后迟迟未归，前去寻找他的飞羽真也遭到了霸剑袭击。惊异塞壬奇幻驾驭书中究竟隐藏着怎样可怕的力量？时光流逝，等待飞羽真一行人的，将是最艰难、也是最后的苦难。
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