《妖怪都市》讲述了香港道士林正远赴泰国，施法协助警方制服雌雄降头大盗金莎与乃密。没想到，两人的尸体竟被师父盗走，并炼制成威力强大的阴阳同体尸。阴阳尸一旦得到出生于十灵时的女性，便能化为无敌的至强魔尸。
林正返回香港后，开始为担任实习医生的女儿林小婷的交友问题烦恼。他施法让觊觎小婷的好色男医生现出原形。与此同时，阴阳尸来到香港向林正复仇，林正的师兄惨遭杀害。面对无法匹敌的阴阳尸，林氏父女只得报警求助。警探大B本就与林小婷关系不佳，借机数落父女二人，没想到陪同小婷前往现场勘查时，也被阴阳尸轻易击败。
为了降服阴阳尸，林氏一家与大B苦苦寻找对策。直到他们发现，出生于十灵时的林小婷和大B，或许正是战胜阴阳尸最强大的武器。
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