《龙女降妖记》讲述了深宫中最受宠的格格小龙女的传奇经历。年幼时，她偶然拜一位世外高人为师，学会了诸多神奇法术。一天，小龙女与三皇子、师弟一同赏花，三皇子望着眼前的温馨场景，暗中嘱托师弟，若自己遭遇不测，一定要好好照顾小龙女。
三个月后，三皇子被神龙教教主王聪儿杀害，朝野为之震动，皇帝随即下令捉拿王聪儿。小龙女在殿外偷听到三哥遇害的真相后，决心展开复仇。与此同时，王聪儿为了寻找传说中得之便可得天下的宝剑，蒙面潜入福大将军府邸。小龙女一行人无意间偷听到庄主与王聪儿早有勾结，正准备与福东回宫报信时，却被王聪儿发现。双方交手之际，福东身受重伤，幸得肌肉男及时出手相救，三人才成功逃离。
众人躲进树林暂避风头，小龙女与福东在相处中渐渐产生情愫。另一边，王聪儿终于得到宝剑，原来这是肌肉男为了救小龙女和福东而做出的交换。肌肉男归来后，众人得知皇帝失踪，于是前往皇帝的落脚处寻找。谁知推门后发现皇帝并未失踪，只是身边多了一位蝶妃。交谈之中，小龙女等人察觉皇帝神色言辞异常，空气中还弥漫着诡异香味，众人很快陷入神志不清的状态，并遭到迷惑与陷害。危急关头，肌肉男出手相助，小龙女顺利逃脱，并解除了皇帝等人身上的毒。
由于迟迟没有收到蝶妃传来的讯号，王聪儿直接杀入皇宫。经过一场激烈搏斗，王聪儿摘下面具，竟暴露出自己正是三皇子的身份，小龙女对此难以置信。最终，在师傅的帮助下，小龙女击败了王聪儿。经历一连串变故后，皇帝决定将小龙女赐婚给福东。
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