《小双侠》中，高田玩具店老板的独生子小刚（樱井翔饰）继承了父亲的发明才能，制造出能够投入战斗的巨型机器狗“小狗侠汪汪”。他与女友小爱（福田沙纪饰）并肩组成正义的“小双侠”，为了守护世界和平持续奋战。
他们最大的敌人是杜伦布贼党。这个盗贼团伙由女首领多龙芝（深田恭子饰）带领，成员还包括一胖一瘦的两名手下童兹拉（小林剑道饰）和波亚基（生濑胜久饰）。多龙芝一伙听命于盗贼之神骷髅贝，四处搜寻传说中能够实现任何愿望的骷髅石碎片。
少女翔子（冈田杏理饰）的父亲海江田博士（阿部隆史饰）是一名考古学家，他在寻找骷髅石的途中突然失踪。小双侠从翔子口中得知事情经过后，为了阻止骷髅贝毁灭世界的阴谋，与多龙芝等人展开了一场场激烈而精彩的战斗。
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