卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行前突然醒来，得知自己已被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，参与一项旨在帮助人类摆脱暴力冲动的秘密计划。借助能够让人体验祖先记忆的虚拟现实装置“Animus”，卡勒姆发现自己是阿圭拉的后裔。阿圭拉曾是生活在西班牙宗教法庭时期的刺客，而刺客们一直在寻找能够控制人类自由意志的伊甸园苹果。
在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）的压力下，索菲娅不情愿地操控卡勒姆回到过去，试图追查伊甸园苹果在现代世界的下落。然而，频繁进入祖先记忆也让卡勒姆的身体和心理承受着巨大威胁。直到另一名杀手穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗中提醒他，艾伦或许另有不可告人的动机，卡勒姆才开始重新审视自己的选择与行动。与此同时，人类自由意志的命运也陷入了难以预料的境地。
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