《红色的种子》讲述了解放战争时期，县委根据敌我斗争形势，决定派华小凤（秦怡 饰）前往国统区开展敌后工作。她服从组织安排，以新四军家属的身份搭乘商人钱福昌（顾也鲁 饰）的货船，辗转进入敌占区。途中，货船遭到敌伪检查，钱串子脑袋钱福昌便用送礼买通保安队长。货物脱手后，他又顺带将华小凤卖给了光棍农民王老二（宋德裕 饰）。
华小凤向王老二母子表明了共产党员身份，并以王老二媳妇的名义在村里发动群众、建立组织，号召大家抗捐抗税，张贴宣传标语，配合上级开展锄奸运动。最终，她帮助王老二和村里的张寡妇（沈玉芳 饰）结为夫妻。时机成熟后，华小凤的爱人、县委书记雷鸣率领武工队开进了村里……
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