《黄飞鸿》将故事置于清朝末年的广东佛山。曾任黑旗水军教头、民团总教练的武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林传授武艺，希望通过习武让民众自强救国。然而，面对清政府的苟且偷生和洋人的横行霸道，他逐渐意识到，单靠武术并不能帮助百姓摆脱苦难，于是开始探索其他救国之路。
来自梅县的梁宽（元彪）在戏院结识了黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳），由此与黄飞鸿产生一连串误会，最终拜武夫严振东为师，并站到了黄飞鸿的对立面。严振东随后与洋人勾结，宣扬美国遍地黄金的谎言，诱骗包括十三姨在内的大批中国妇女登上前往海外的船只。此时的梁宽终于醒悟，明白黄飞鸿才是真正的朋友。在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开一场浴血奋战。
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