影片《马拉松》讲述了楚元的成长故事。外表上，喜欢斑马和巧克力的他与其他孩子一样活泼可爱、讨人喜欢，然而，楚元后来被诊断患有自闭症。母亲庆淑（金美淑饰）得知消息后备受打击，甚至当场绝望晕倒。为了尽量减轻病症对儿子的影响，她倾注了大量心血，并请来教练（李基英饰）训练楚元跑步，希望他有朝一日能够完成真正的马拉松全程。
多年过去，楚元（曹承佑饰）已经长成20岁的青年，但智力依旧停留在5岁孩子的水平。他把弟弟当作老师般尊敬，听到音乐便会不分场合地手舞足蹈。尽管如此，在母亲和恩师的支持与鼓励下，他始终没有放弃自己的目标，朝着马拉松比赛冠军不断奔跑。
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