《爆裂都市》讲述了邻埠高级长官荣大刚结束香港之行、准备离开时，突然在机场遭到杀手袭击。荣大刚身中三枪，生命垂危；负责追捕的张志诚警司（任达华 饰）将逃跑时坠楼的女杀手当场逮捕。案件随后交由总督察姚天明（方中信 饰）调查，而受伤坠楼的北条真理（白田久子 饰）因短暂失忆，无法提供任何有价值的线索。
与此同时，一伙由“奥多桑”（千叶真一 饰）带到香港的国际恐怖分子绑架了姚天明的家人。为了保住儿子的性命，姚天明只得暗中受其胁迫，假装杀死北条真理，实际上却将她带走，试图从她口中查出恐怖分子的真实身份，并设法救出自己的儿子。警方很快察觉姚天明的异常，将他视为叛徒，并下令通缉他和北条真理。
随着调查深入，北条的身世也逐渐浮出水面。原来，她自幼便被奥多桑拐走并收养，之后被训练成冷酷无情的杀手。然而，这次刺杀行动中的北条仅仅是用来迷惑警方的烟雾，真正隐藏在幕后、策划一切的杀手另有其人。
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