深渊讲述了美国核潜艇蒙坦娜号在深海追踪神秘物体时意外失踪的故事。高压潜水钻台深海之心号的工头巴德（艾德·哈里斯 Ed Harris 饰）奉命协助科菲上尉（迈克尔·比恩 Michael Biehn 饰）展开营救，没想到同行者中还有与他关系紧张的妻子、石油公司工程师琳西（玛丽·伊丽莎白·马斯特兰托尼奥 Mary Elizabeth Mastrantonio 饰）。三人带领救援队潜入蒙坦娜号失踪的海底深渊附近，却发现潜艇内没有任何幸存者，而深渊之中似乎还潜藏着一种未知怪物。经历一连串危机后，科菲上尉不顾劝阻，认定这一切是苏联阴谋，并决定将从潜艇上拆下的核弹发射向那个神秘敌人。为了阻止他，巴德与琳西联手展开殊死搏斗。千钧一发之际，巴德冒险救下琳西，随后独自潜入深渊，拆除核弹头上的引信。任务完成时，他的氧气已经几乎耗尽，而就在这时，深海怪物再次出现在他面前。
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